http://blog.designrecipe.jp/2011/06/04/ubuntu-initial-setup-locale-timezone/
以下のようなコマンドを実行するようです。
# mv /etc/localtime{,.org}
# ln -s /usr/share/zoneinfo/Asia/Tokyo /etc/localtime
(2014.3.11追記)
Ubuntuで日本時間に変更するには、以下のような方法もあるようです。
1.以下のコマンドを入力する。
sudo dpkg-reconfigure tzdata
2.表示されるリストから、Asia Tokyo を選択する。